Intern bleking av rotbehandlede tenner er forbundet med svært få bivirkninger. Bare hvis tannen er veldig svak på forhånd på grunn av store fyllinger, kan det være fare for at den får i stykker. Tenner som er rotbehandlet på grunn av et trauma, kan i forbindelse med bleking i noen svært få tilfeller få skader på roten.
Ved alle former for ekstern bleking vil det være mange som får vondt i tennene underveis. Det kan være snakk om både milde og veldig sterke smerter. Heldigvis forsvinner symptomene i løpet av noen få dager og det er ikke noe som tyder på at tennenes nerver tar varig skade. Har du følsomme tannhalser i utgangspunktet, bør du tenke deg ekstra godt om før du bleker tennene.
Også tennenes emalje påvirkes i form av svak etsing i overflaten. Denne etsingen er ikke alvorlig hvis du har hele emaljen inntakt. Men er emaljen slitt eller erodert fordi du drikker mye brus eller spiser masse frukt, bør du være forsiktig med bleking. Er emaljen borte er du virkelig utsatt for misfarging fordi dentinet innenfor er mer porøst. Etsing gjør også at tennene er mer mottakelig for nye fargestoffer og du bør begrense inntaket av farget mat og drikke under og like etter en bleking.
Tannkjøttet kan også irriteres av blekemiddel. Ved spesielt høye konsentrasjoner av hydrogenperoksid kan det forekomme etsinger som er plagsomme et par dager. Når det legges stor vekt på at blekemiddelet ikke må berøre tannkjøttet og slimhinnen, er det fordi testing har vist at hydrogenperoksid kan irritere disse vevene. Man har vært bekymret for at blekemidler skulle kunne være kreftfremkallende når man bleker hjemme. Det er imidlertidig ikke bevist når de brukes i en konsentrasjon og på den måten som anbefales i dag. Men det anbefales å unngå andre kreftfremkallende stoffer som tobakk og alkohol mens blekingen pågår.. Videre må bleking utføres på mennesker med følsomme slimhinner eller på mennesker som er arvelig disponert for munnhulekreft. Ved Graviditet og amming bør man heller ikke foreta bleking.